Lapsia voidaan kuvata magneettitutkimuksella kuten aikuisiakin. Pienten lasten osalta tulee kuitenkin huomioida, että tutkimustilanteessa kuvattava kohde tulisi olla paikallaan, jotta kuvista saadaan tarkkoja. Tällöin magneettitutkimus voidaan tehdä sairaalaolosuhteissa siten, että lapsi on nukutettu tai hän on saanut rauhoittavan lääkityksen. Kouluikäiset lapset pystyvät yleensä jo olemaan hyvin paikallaan tutkimuksen ajan.