Magneettikuvauksessa varjoaineita (tai merkkiainetta) käytetään nykyään yhä harvemmin. Merkkiainetta on historiallisesti käytetty magneettitutkimuksissa, jotta mm. kehon anatomia erottuisi paremmin, mutta laitteiden tarkkuus on kehittynyt niin paljon, että merkkiaineen merkitys on huomattavasti vähentynyt.