Magneettitutkimusta tehtäessä potilas käy makuulle tutkimuspöydälle. Kuvattava kohde pyritään viemään mahdollisimman lähelle laitteen keskustaa. Kuvattavasta kohteesta riippuen laitteeseen mennään sisään jalat tai pää edellä. Esimerkiksi kuvattaessa nilkkaa tai polvea, laitteeseen mennään jalat edellä. Vastaavasti kuvattaessa päätä tai kaularankaa laitteeseen mennään pää edellä.